对于重臣们的说法，朱载坖深以为然，大明对于蒙古的事情，要早做准备，提前干预，现在就要做好一应事情。
朱载坖在和重臣们商量之后，决定采取一些手段，提前为可能出现的情况做准备，首先是对于土默特部的一些首领予以加恩，对俺答加以赏赐，同时册封三娘子为顺义王妃，升把汉那吉为都指挥佥事，以李皇后的名义赏赐三娘子服饰、绸缎、金玉宝石，对三娘子加以拉拢。
同时加大对于把汉那吉的扶持力度，当然这些都是文的，朝廷对于武备也要加紧准备，首先就是道路交通的情况，朱载坖和户部、工部、兵部商议之后，决定在京师到蓟镇的道路、桥梁修葺完成之后，重点修葺京师到宣府、山西的道路和桥梁，尤其一些河道的桥梁，要予以重新修葺，加强京师对宣大的补给能力。
同时在宣大山西等镇建设大型的仓库，用以囤积粮秣，以为朝廷日后大规模用兵做准备，还要大练精骑，不管是宣大山西还是陕西三边、蓟辽大宁等处，都要重视骑兵的训练，扩充骑兵数量，严格加以训练，妥善保障战马，朱载坖命令兵部和户部以及太仆寺，对于军中战马的豆料，务必要保障本色足额发给，九边各镇，要是还是因为豆料马草不足导致战马的倒毙，各镇总兵都要严惩不贷。
同时京营和亲军诸卫精骑也要加以扩充，提高朝廷的机动兵力，朱载坖决定，将三千营从一万五千骑扩充到二万五千骑，同时在亲军诸卫中也要编设骑兵，作为朝廷手中的机动兵力和预备队使用。
商量完了这些事情，朱载坖将李成梁单独留下，朱载坖问道：“将你调回京师，是不是心里有怨气？朕挡着你加官进爵了？”
李成梁赶紧说道：“臣不敢有怨望之言。”
朱载坖只是哼了一声，拿出一些被截去名字的奏疏给李成梁看，朱载坖说道：“朕之所以调你回京师，是为了保全你！”
一直以来弹劾李成梁的奏疏都不断，不仅三边总制方逢时等地方大员上本弹劾他，科道对他也不太感冒，多次上疏弹劾他，认为李成梁贪功冒赏，杀良冒功，地方大员则是为什么李成梁桀骜不驯，难以驾驭，所以对他弹章一直是不断的。
看了这些弹章，李成梁赶紧谢罪，朱载坖倒没有说什么，朱载坖对李成梁说道：“朕心里有数，你不必介意，好好练兵，仗有你打的，封侯也罢，国公也罢，就看你有没有哪个本事了！”