朱载坖没有理会这些事情，对于这些奏疏一律不报，他继续对大明的指挥体系进行自己的调整，原本九边各镇的奏疏也是通过通政司进奏的，这里面要经过通政司和六科的检查、发抄等工作，经手的人增加，就会导致军情的泄露，朱载坖认为军情信息不同于其他的奏疏题本，保密是首要的事情。
所以今后的有关军情的奏疏，不管是锦衣亲军的奏疏还是九边武将的奏疏，都不再经由通政司和六科，锦衣亲军的奏疏直接通过文书房转递朱载坖，而有关军机情报的奏疏，一律由五军都督府查收之后交司礼监文书房上呈御批，这样这样一来，就相当于给予这些武将变相的密奏的权力。
朱载坖的旨意下达之后，这些官员们当然不干了，纷纷上疏劝阻朱载坖，不过朱载坖倒是觉得这些文官们现在是越来越没种了，自从朱载坖实行庭杖的新办法之后，大明的英雄好汉好像就突然绝种了一样了，大家一时之间就变得文明了，什么死劾、扣阙、哭庙这样的事情就少多了，尽管官员们上疏很激烈，但是并没有什么出格的行为。
朱载坖对于这些奏疏一概留中不发，根本不予理睬，同时要求内官监收拾武英殿，作为练兵军务处的办公场所，原本武英殿最主要的职能是皇帝的便殿，是皇帝斋戒和召见臣工之处，现在成为练兵军务处的办公场所，这里处理的都是军机重事，保密是最重要的事情。
朱载坖御笔亲书了八个大字：枢密重地，擅入族诛，命令内官监刻成石碑，立在武英殿前，同时要求锦衣亲军加强对于武英殿的保护，不仅调派了大量的锦衣校尉值守巡逻，同时规定练兵军务处不准内侍进入，内侍进入武英殿需要特旨，同时也不用小吏伺候，从五军都督府和京卫、亲军诸卫中选拔身家清白的舍人子弟，进入武英殿为参赞军务大臣服务。
在朱载坖的上谕下达之后，朱载坖在武英殿召开了第一次军务处会议，内阁辅臣、英国公张溶、萝川侯马芳、顺宁侯俞大猷、哈密伯李成梁、定国公徐文壁、临淮侯李庭竹还有五军都督府的左都督们加上户部、兵部、礼部、理藩院、太仆寺的堂官，协理京营戎政都参与会议了。
朱载坖首先就将谭纶和戚继光的奏疏拿出来宣读了，这是朱载坖成立练兵军务处的借口，也是朝廷现在最大的战事了，朱载坖说道：“朕以为当集结京师和蓟辽大宁之兵，远出塞北，痛歼土蛮，以彰大明之国威也。”
在场的臣子们早就清楚朱载坖的想法，要不是要对土蛮用兵，朱载坖也不会搞出这么大的动静来，现在的问题就是应该怎么对土蛮用兵的问题，对于这个问题，重臣们显然各有想法。