山东离京师这么近，士卒逃亡就这么多，其他省份，已经可想而知了，大明号称内外卫所四百六十余，在籍军士二百六十万，实际能够有多少人，恐怕只有天知道了。
说道此处，张居正也深有同感，他也是军籍出身，大明的军籍备受歧视，士卒毫无地位可言，这点已经天下尽知的事情，不过对于卫所的改革应该怎么办，朱载坖现在也在思考中，朱载坖有心将卫所予以废除，但是又担心引起政局的动荡，所以只能小步快走。
朱载坖直接说道：“山东乃京畿之后备，断不能空虚，现今山东都司空虚，诸位认为应该怎么处理？”
面对朱载坖的这个问题，各位参赞军务大臣都提出了自己的看法，首先就是要减少山东的班操京军，从三万多减至两万，分为两班，轮流在京师和山东驻防，同时将山东本省的民壮、团练等武装予以解散，军费用于养朝廷的经制之兵，同时由朝廷负担班操军士往来的行粮和在京班操期间的饷银，减少山东都司的财政压力。
然后就是怎么充实山东都司的问题，朱载坖和各位重臣们商量了之后认为，现在贸然将卫所裁撤，实行募兵是不太现实的，卫所可以作为朝廷募兵的来源，也就是朝廷的预备役部队，从中挑选脱产的军士，但是现在军屯起科太重，军户根本无法承担，还要被这些卫所军官们所奴役，这是显然不行的。
朱载坖和重臣们商量之后决定在山东试行军田民田统一科则，统一税率，由地方官府直接征收，同时向军士授田，发给凭证，授田的军士在朝廷需要的时候，就要每家抽丁一人脱产成为职业军人。
同时对于军屯予以清丈，保证现在在籍军户每人有一份土地，同时他们直接向地方官府缴纳赋税了之后，也可以摆脱卫所军官对他们的奴役，卫所世袭军官也要予以整顿，首先就是将他们侵占的军屯吐出来，同时剥夺他们役使军士的权力，招募无地的百姓，分给土地，成为军户。
朱载坖认为，兵可百年不用，不可一日不备，随着大明军队火器化程度的提升，卫所军队已经不能适应战争了，只有组建常备军，才是攘外安内的措施，对于卫所的改革，就从山东做起。
朱载坖命令练兵军务处制定一个详细的计划，条陈上疏之后由朱载坖御批后发布，以山东作为试点，对大明的兵制进行系统的整顿，迎接大战。